學院前身是南京中醫(yī)學院1984年成立的“中醫(yī)計算機應用研究中心”，2003年成立了信息技術學院。2019年6月，為了加強現(xiàn)代信息技術對醫(yī)藥類主干學科的支撐融合，發(fā)展人工智能、智能醫(yī)學和醫(yī)學信息工程與技術，學院更名為人工智能與信息技術學院。2025年5月，學院獲批江蘇省首批人工智能學院。目前學院擁有“計算機科學與技術”國家一流本科專業(yè)和校級重點學科、“軟件工程”江蘇省一流本科專業(yè)和校級重點培育學科，與文獻所共建“中醫(yī)藥信息學”國家中醫(yī)藥管理局重點學科，擁有“南京中醫(yī)藥大學唐仲英中醫(yī)疫病研究中心”和“江蘇省智慧中醫(yī)藥健康服務工程研究中心”，設有“計算機科學與技術”“軟件工程”“醫(yī)學信息工程”“人工智能”4個本科專業(yè)，以及“軟件工程”一級學科碩士點、“中醫(yī)藥人工智能”交叉學科博碩士點，在校學生700余人。

學院下設中醫(yī)藥人工智能系、醫(yī)學信息系、計算機系、智能軟件系等4個系，計算機基礎教學部、數(shù)學教學部、物理教學部等3個教學部，以及“信息技術實驗中心”和“醫(yī)藥信息技術實踐教育中心”2個省級實驗教學示范中心。現(xiàn)有教職工85人，其中專任教師70人，具有高級職稱約占51.4%、具有博士學位約占68.6%，博士生導師3人、碩士生導師17人；江蘇省教學名師1人、江蘇省有突出貢獻中青年專家1人、江蘇省高校“青藍工程”科技創(chuàng)新團隊1個、江蘇省“333工程”中青年科學技術帶頭人3人、江蘇省“六大人才高峰”培養(yǎng)對象3人、江蘇省高校“青藍工程”中青年學術帶頭人3人、江蘇省高校“青藍工程”優(yōu)秀青年骨干教師6人；青年教師中有近20人赴澳大利亞悉尼大學、西悉尼大學、斯威本科技大學、美國弗吉尼亞大學等高校進行課程培訓和學術交流。近3年學院專任教師主持國家自然科學基金項目和國家重點研發(fā)計劃子課題等國家級項目18項，獲山東省科技進步一等獎、全國商業(yè)科技進步一等獎等省部級教學科研成果獎20多項。

學院積極探索教書育人的新思路、新方法，立足制度創(chuàng)新、方法創(chuàng)新、活動內(nèi)容和形式創(chuàng)新，有效實施學生教育、管理和服務工作。選拔優(yōu)秀教師擔任本科生導師，全體教師黨員與學生班級共建，教師指導學生開展第二課堂教學、開辦學術講座、開展師生共建等豐富多彩的活動，學院形成了良好的育人環(huán)境，大學生綜合素質(zhì)和實踐能力得到全面提高。通過學賽結(jié)合、一室一賽、科研反哺教學等措施，近3年指導學生在中國“互聯(lián)網(wǎng)+”大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽、“挑戰(zhàn)杯”全國大學生課外學術科技作品競賽、全國大學生數(shù)學建模競賽、中國大學生服務外包創(chuàng)業(yè)創(chuàng)新大賽、中國大學生計算機設計大賽、“藍橋杯”全國軟件和信息技術專業(yè)人才大賽等國家級和省級學科競賽中獲獎300余項，學生創(chuàng)新精神及實踐能力得到顯著提高。

學院建立了全面的就業(yè)指導服務體系，畢業(yè)生就業(yè)率均在學校名列前茅，且就業(yè)質(zhì)量高，專業(yè)對口率高，多數(shù)在IT企業(yè)、醫(yī)院、醫(yī)療機構(gòu)、政府機關等企事業(yè)單位從事計算機相關工作。部分優(yōu)秀畢業(yè)生考入浙江大學、南京大學、東南大學、中山大學、哈爾濱工業(yè)大學、華東師范大學、英國謝菲爾德大學、英國伯明翰大學、英國約克大學、澳大利亞墨爾本大學、澳洲國立大學、圣安德魯斯大學、斯威本科技大學等國內(nèi)外知名大學攻讀碩士研究生。

學院已與10多家軟件企業(yè)建立了實習基地，同時依托學校所建立的江蘇省中醫(yī)院等50多家附屬醫(yī)院和臨床實習醫(yī)院，為本科生的教學實踐和畢業(yè)實習提供了廣闊的實習實踐平臺。